自制青梅酒因為沒有經過專業的消毒處理，容易產生細菌以及霉菌物質，長期飲用會損壞人體健康，若是瓶口沒有密封好以及容器選擇不當，在高溫的環境下會出現甲醛超標的現象，另<愛尬聊_尬聊百科>外在容器裝滿的情況下容易出現爆炸的現象。

自制青梅酒在制作的過程中沒有加入消毒滅菌的輔料，在設備上也很難達到工廠消毒的條件，因此容易出現霉菌以及各種病菌，而潮濕的環境適合細菌繁殖生長，進而會影響青梅酒的產量，因此長期飲用細菌過多的青霉菌會損害人體健康。

自制的青梅酒還會出現甲醛超標的現象，若是瓶口密封不當以及選擇的容器不當，在高溫的環境下，原材料會進行分解產生有毒物質，尤其是一次性塑料材質的容器，不宜用來制作青梅酒，一旦甲醛濃度超過0.2%，會危害人體健康。

青梅酒制作過程中若是儲存不當還會出現爆炸的現象，有的人喜歡將容器全部裝滿，甚至使用塑料瓶發酵青梅，青梅酒在發酵的過程中會產生氣體以及酒精，當容器中沒有多余的空間時，便容易出現爆炸的現象。