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單細胞分析,樣品如何制備呢??


單細胞基因組學顧名思義,研究人員分離出單個細胞并裂解,然后擴增并測序基因組DNA。它所產生的組裝可能并<愛尬聊_知識大全>非完整的,因為任何損失或擴增偏向都會導致序列數據丟失,不過,它帶來了其他方法無法獲得的信息。現在的問題是,如何分離單個細胞?
_WeCh****083152 2021-10-02 12:44


這個關鍵步驟是單細胞的分離,Quake曾使用微流體方法來分離一種稱為TM7的無法培養微生物1。TM7是桿狀的,于是Quake及其團隊專門捕獲口腔微生物群落中的桿狀細菌。隨后他們通過核糖體RNA來追蹤所要的細胞。在35個分離的桿狀細菌中,4個都證明是TM7,他們對其中一個進行測序。
Woyke認為,微流體方法有兩個主要優勢。第一,用戶能夠觀察他們正在分離的細胞,這讓他們能夠選擇特定的形態或表型,并將此信息與基因型相關聯。第二是擴增效率。單拷貝的細菌基因組顯然不夠用來測序,因此需要全基因組擴增。但并非所有片段都能同等擴增,一些可能會丟失。“一些研究表明,如果反應體積越小,那么單細胞基因組的回收就越好,覆蓋也更加均一,”Woyke說。http://www.ebiotrade.com/newsf ... 4.htm


為什么要這么糾結 2021-10-02 12:48


樓主有興趣可以參考一下文獻,介紹了幾種常用的方法,挺詳細的,問題是幾種方法各有優缺點,所以樓主可根據自己的需求進行選擇,對于單細胞基因組學的研究還是比較熱門,而分離技術可能是限制其發展的瓶頸之一,如果其他大牛有更好的方法,不妨共享一下哈。
單細胞分析 樣品制備


編輯 舉報 2023-02-01 00:35

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