什么是RNA-seq技術？原理是什么？？
萱冰雪蕊
2021-11-21 03:52
RNA-seq及RNA測序，又稱轉錄組測序，就是把mRNA、smallRNA和no-codingRNA全部或者其中部分用高通量測序技術進行測序分析的技術。
技術原理：首先，我們獲得細胞總RNA，然后根據實驗需要，比如是需要測mRNA，ncRNA還是smallRNA等，對RNA樣品進行處理。處理好的RNA再進行片段化，然后反轉錄形成cDNA，獲得cDNA文庫，然后在cDNA片段的兩端接上接頭，最后用新一代高通量測序依進行測序。
相對于傳統的sanger測序法，RNA-seq具有以下優勢：
1、數字化信號：直接測定每個轉錄本片段序列，單核苷酸分辨率的精確度，同時不存在傳統微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。
2、高靈敏度：能夠檢測到細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本。
3、任意物種的全基因組分析：無需預先設計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析。同時能夠檢測未知基因，發現新的轉錄本，并精確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區域。
技術應用：
1、轉錄本結構研究
利用單堿基分辨率的RNA-Seq技術可極大地豐富基因注釋的很多方面內容, 包括 5′/3′邊界鑒定、UTRs區域鑒定以及新的轉錄區域鑒定等。RNA-Seq還可對可變剪接(Alternative splicing)進行定量研究。
2、轉錄本變異研究
在發現序列差異方面，如融合基因鑒定、編碼序列多態性研究等，RNA-seq也具有很大的潛力。
3、非編碼區域功能研究
轉錄組學研究的一個重要方面就是發現和分析ncRNA。
ncRNA按其功能可分為看家ncRNA和調節ncRNA。前者通常穩定表達,發揮著一系列對細胞存活至關重要的功能, 主要包括轉移RNA(tRNA)、核糖體RNA(rRNA)、小核 RNA(snRNA)及小核仁 RNA(snoRNA)等；后者主要包括長鏈 ncRNA(lncRNA)和以microRNA為代表的小ncRNA(small ncRNA), 在表觀遺傳、轉錄及轉錄后等多個層面調控基因表達。
4、基因表達水平研究
相比于傳統的芯片技術，RNA-Seq技術能更準確地確定細胞中RNA的表達水平。原則上，RNA-Seq有可能確定細胞群中的每一個分子的絕對數量，并對實驗之間的結果進行直接比較。RNA-Seq一個特別強大的優勢是它可以捕捉不同組織或狀態下的轉錄組動態變化而無需對數據集進行復雜的標準化。
5、低豐度全新轉錄本的確定
雖然利用轉座子標簽和芯片技術能夠獲得全新的轉錄本，但是其工作量大，結果不確定。而RNA-Seq不受背景噪音問題的困擾，結果準確性高，因而被用來發現全新的轉錄本。近年來對釀酒酵母、栗酒裂殖酵母、擬南芥、水稻、小鼠、人、和人體白色念珠菌的轉錄組測定結果都顯示出大量的新轉錄區域，并且其中許多轉錄水平都低于已知的cDNA基因。
_CFT01****84190 2021-11-21 03:57
RNA-Seq(RNA sequencing) 即RNA測序又稱轉錄組測序，就是把mRNAsmallRNA和non-coding RNAncRNA全部或者其中一些用高通量測序技術進行測序分析的技術。轉錄組是指特定組織或細胞在某一發育階段或功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和, 主要包括mRNA和非編碼RNA(non-coding RNA, ncRNA)。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點是解讀基因組功能原件和揭示細胞及組織分子組成所必需的。
原理：首先獲得細胞總RNA然后根據實驗需要，比如是需要測mRNA，ncRNA還是smallRNA等，對RNA樣品進行處理。處理好的RNA再進行片段化，然后反轉錄形成cDNA，獲得cDNA文庫然后在cDNA片段的兩端接上接頭最后用新一代高通量測序依進行測序。
相對于傳統的sanger測序法RNA-seq具有以下優勢：
1、數字化信號直接測定每個轉錄本片段序列，單核苷酸分辨率的精確度同時不存在傳統微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。
2、高靈敏度能夠檢測到細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本。
3、任意物種的全基因組分析無需預先設計特異性探針因此無需了解物種基因信息能夠直接對任何物種進行轉錄組分析。同時能夠檢測未知基因發現新的轉錄本并精確地識別可變剪切位點及cSNPUTR區域。
許萬萬 2021-11-21 04:09
RNA-seq即轉錄組測序技術，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量測序技術把它們的序列測出來。反映出它們的表達水平。
其原理是：首先獲得細胞總RNA，主要包括 mRNA和非編碼RNA ，然后根據實驗需要，對RNA樣品進行處理。處理好的RNA再進行片段化，然后反轉錄形成cDNA，獲得cDNA文庫，然后在cDNA片段的兩端接上接頭，最后用新一代高通量測序依進行測序，就能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息。
RNA-seq及RNA測序，又稱轉錄組測序，就是把mRNA、smallRNA和no-codingRNA全部或者其中部分用高通量測序技術進行測序分析的技術。
技術原理：首先，我們獲得細胞總RNA，然后根據實驗需要，比如是需要測mRNA，ncRNA還是smallRNA等，對RNA樣品進行處理。處理好的RNA再進行片段化，然后反轉錄形成cDNA，獲得cDNA文庫，然后在cDNA片段的兩端接上接頭，最后用新一代高通量測序依進行測序。
相對于傳統的sanger測序法，RNA-seq具有以下優勢：
1、數字化信號：直接測定每個轉錄本片段序列，單核苷酸分辨率的精確度，同時不存在傳統微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。
2、高靈敏度：能夠檢測到細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本。
3、任意物種的全基因組分析：無需預先設計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析。同時能夠檢測未知基因，發現新的轉錄本，并精確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區域。
技術應用：
1、轉錄本結構研究
利用單堿基分辨率的RNA-Seq技術可極大地豐富基因注釋的很多方面內容, 包括 5′/3′邊界鑒定、UTRs區域鑒定以及新的轉錄區域鑒定等。RNA-Seq還可對可變剪接(Alternative splicing)進行定量研究。
2、轉錄本變異研究
在發現序列差異方面，如融合基因鑒定、編碼序列多態性研究等，RNA-seq也具有很大的潛力。
3、非編碼區域功能研究
轉錄組學研究的一個重要方面就是發現和分析ncRNA。
ncRNA按其功能可分為看家ncRNA和調節ncRNA。前者通常穩定表達,發揮著一系列對細胞存活至關重要的功能, 主要包括轉移RNA(tRNA)、核糖體RNA(rRNA)、小核 RNA(snRNA)及小核仁 RNA(snoRNA)等；后者主要包括長鏈 ncRNA(lncRNA)和以microRNA為代表的小ncRNA(small ncRNA), 在表觀遺傳、轉錄及轉錄后等多個層面調控基因表達。
4、基因表達水平研究
相比于傳統的芯片技術，RNA-Seq技術能更準確地確定細胞中RNA的表達水平。原則上，RNA-Seq有可能確定細胞群中的每一個分子的絕對數量，并對實驗之間的結果進行直接比較。RNA-Seq一個特別強大的優勢是它可以捕捉不同組織或狀態下的轉錄組動態變化而無需對數據集進行復雜的標準化。
5、低豐度全新轉錄本的確定
雖然利用轉座子標簽和芯片技術能夠獲得全新的轉錄本，但是其工作量大，結果不確定。而RNA-Seq不受背景噪音問題的困擾，結果準確性高，因而被用來發現全新的轉錄本。近年來對釀酒酵母、栗酒裂殖酵母、擬南芥、水稻、小鼠、人、和人體白色念珠菌的轉錄組測定結果都顯示出大量的新轉錄區域，并且其中許多轉錄水平都低于已知的cDNA基因。
_CFT01****84190 2021-11-21 03:57
RNA-Seq(RNA sequencing) 即RNA測序又稱轉錄組測序，就是把mRNAsmallRNA和non-coding RNAncRNA全部或者其中一些用高通量測序技術進行測序分析的技術。轉錄組是指特定組織或細胞在某一發育階段或功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和, 主要包括mRNA和非編碼RNA(non-coding RNA, ncRNA)。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點是解讀基因組功能原件和揭示細胞及組織分子組成所必需的。
原理：首先獲得細胞總RNA然后根據實驗需要，比如是需要測mRNA，ncRNA還是smallRNA等，對RNA樣品進行處理。處理好的RNA再進行片段化，然后反轉錄形成cDNA，獲得cDNA文庫然后在cDNA片段的兩端接上接頭最后用新一代高通量測序依進行測序。
相對于傳統的sanger測序法RNA-seq具有以下優勢：
1、數字化信號直接測定每個轉錄本片段序列，單核苷酸分辨率的精確度同時不存在傳統微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。
2、高靈敏度能夠檢測到細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本。
3、任意物種的全基因組分析無需預先設計特異性探針因此無需了解物種基因信息能夠直接對任何物種進行轉錄組分析。同時能夠檢測未知基因發現新的轉錄本并精確地識別可變剪切位點及cSNPUTR區域。
許萬萬 2021-11-21 04:09
RNA-seq即轉錄組測序技術，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量測序技術把它們的序列測出來。反映出它們的表達水平。
其原理是：首先獲得細胞總RNA，主要包括 mRNA和非編碼RNA ，然后根據實驗需要，對RNA樣品進行處理。處理好的RNA再進行片段化，然后反轉錄形成cDNA，獲得cDNA文庫，然后在cDNA片段的兩端接上接頭，最后用新一代高通量測序依進行測序，就能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息。
