雖然ApplePay推出前后的體驗評價基本都是正面的，但這項移動支付服務，就像蘋果高管埃迪庫伊所說的“還有很多需要改進的地方”，仍然存在很多不足。偉峰。com報道稱，在ApplePay正式上線一天后，其負面評價開始顯現。據外媒總結，目前ApplePay的主要問題是同一筆交易多收費的現象。

《紐約時報》編輯MollyWood表示，雖然ApplePay在實體店的體驗很好，但當他通過第三方軟件進行網購時，體驗并沒有傳說中的那么無縫。比如通過Instacart<愛尬聊_百科大全>(眾包百貨電商)應用下單某產品后，Wood每次嘗試結賬都會收到銀行卡的扣款通知，但系統總是因為格式錯誤顯示“交易未完成”。

伍德還表示，Instacart已經向他保證交易問題已經解決，并承諾不會多收費。與此同時，蘋果發言人表示，格式錯誤確實導致了此類問題，但蘋果技術人員已經修復了這些問題。有業內人士指出，目前ApplePay收費較多的現象主要是應用開發者和配套銀行的問題。然而，因為這是蘋果的產品，他們再次受到批評。