北醫三院本部在北京市海淀區花園北路49號，首都國際機場院區在北京市朝陽區崗山路9號，北方院區在北京市海淀區藍靛廠南路車道溝10號。一般來說，患者可以乘坐地鐵10號線至西土城站下車，然后在牡丹園站A口出，向西直行300米左右，右拐進入花園路，直行800米左右左拐進行花園北路，直行即可看到北醫三院。