藥店價格比網上更貴是因為藥店有權自主決定銷售價格，有時候還會捆綁銷售一些藥品，還要覆蓋租金和人工成本，導致同樣的藥，藥店價格更貴一些。藥店的藥價受到《價格法》等的約束，不得低價傾銷、價格歧視、價格串通、哄抬價格等。

實體藥店的運營方式和線上售藥存在很大的差距，為了吸引消費者，通常實體藥店會選擇人流量較大的地段，雇傭具備一定藥品知識的專業工作人員，線上售藥則無需承擔這些成本，他們只要保障店鋪能夠正常運營就可以，甚至有些時候一名工作人員就能完成全部的工作。藥師在給顧客推薦藥物時往往會優先考慮任務品種和毛利率更高的藥品，這也是造成很多人覺得實體藥店價格更貴的原因之一。